Prototype 2: La venganza se sirve fría y en bandeja de plata.

Venganza venganza venganza, eso es lo que busca el Sargento Jame Heller, ya que busca un culpable a la muerte de su familia, y es ahí donde aparece el protagonista de la primera entrega Alex Mercer. Heller le ve como el principal culpable ya que por su culpa el virus azoto a toda la cuida de New York. Así que nuestro nuevo protagonista tendrá dos claras misiones en esta aventura, una acabar con el virus y dos matar al que él cree culpable de todos sus males.